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藍理康熙十五年授建寧遊擊，十八年升灌口營參將。藍理任廈門灌口營參將時，得罪福建總督姚啟聖，被姚藉故革去官職，永不敘用。
康熙二十一年福建水師提督、靖海將軍施琅聞知藍理英勇，奏請任命他為右營遊擊，領前隊先鋒，率舟師征剿臺灣鄭氏軍隊。
在用人問題上，施琅充分展現了他的知人善任、不計前嫌，他對被姚啟聖處罰過的藍理十分器重，而對姚啟聖賞識的朱天貴卻不打算使用。兵部不同意施琅重藍輕朱的意見。康熙帝認為兩人皆可用，特旨授二人官職。在後來的海戰中，藍、朱二人均英勇善戰，不負厚望。
施琅在召集隨征諸將之時，出示“先鋒銀錠”，傳令：“征剿澎湖，誰敢為先鋒者，領取！”然而，諸將卻面面相覷，沒有人回應。這時，虎將藍理挺身而出，願擔此重任。施琅深感寬慰，命他為前部先鋒。在他的戰船風篷之上，不寫官銜，獨書其名，長寬竟至二丈，鄭軍頗知其勇，非常懼怕。
十四日，施琅率水師二萬，戰船三百隻，自銅山繞澎湖南而全速進軍。次日取貓嶼、花嶼。時劉國軒已於澎湖沿岸，“凡可登處，築短牆，置腰銃環二十餘裏為壁壘。”十六日，施琅發起猛攻，劉國軒急令鄭軍出戰，清軍先鋒藍理率七隻戰船直沖敵陣。雙方展開激戰。在鄭將曾瑞、林升等軍兵頑強抵抗的情況下，藍理勇猛異常，斬八十余人，鄭軍初戰失利。不料，風向突變，巨浪將清艦沖散，清軍處於劣勢，施琅恐藍理等人有失，遂親統戰船營救，這時，鄭軍乘勢圍擊清艦，施琅的右眼被火銃射傷。眾將大驚。藍理見此情景，大吼一聲：“將軍勿憂，藍理在此！”]當即命其戰船，逐浪衝擊，炮轟敵艦，打沉鄭軍兩艦。藍理還指揮將士，向其餘鄭艦投擲火藥罐，鄭軍死傷甚眾。然而，林升、曾瑞等毫不示弱，揮軍與藍理死戰。負傷十余處的藍理又中炮跌倒，腹破腸出，血透戰袍，情況十分危急。曾瑞見狀，大叫：“藍理死矣！”藍理聽到後，忍痛跌起，怒吼曰：“藍理在，曾瑞死矣！”命令諸將“督戰速進，莫因我一人而誤大事。”鄭軍駭然。藍理的族子藍法為掬而納諸腹中，四弟璦傅以衣，五弟珠持匹練連腹背交裹之。藍理起身整甲，呼之曰：“今日諸君不可怯戰，誓與賊無生還！”眾將倍受感動，攻勢更猛。林升連中三箭，又被火炮擊傷，鄭軍陣勢大亂。施琅乘勢馳近藍理戰船，班師而還。
次日，施琅在會集眾將時深有感觸地說道：“若非藍理，本軍門豈不危哉！”獎賞藍理白銀二千兩。藍理再次請戰，施琅含淚勸止。
臺灣既平，論功行賞獨不及藍理，當時藍理死戰，身被七傷，大腸已流出，裹傷複戰。而敘功時，施琅卻將藍理名字刪去，因為藍理剛猛，不肯屈意事人，施琅忌恨他這一點，遂落其名。
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