这时，站在施琅身边的副将冯苓，瞥见斜对面的敌舰一支鹿铳正直指施琅，他一个箭步护住施琅，急呼道：“施军门，当心！”
话音未净，火铳已发，只听一个呼啸，冯苓已被炮弹洞穿胸膛，鲜血直涌，尾楼也燃起了熊熊大火。
施琅见势，紧抱冯苓，大呼：“冯将军，冯将军！”
冯苓眼睛睁开，说不出话，未几闭目而去。
施琅吩咐士兵将火扑灭，忽然一发流炮不偏不倚又击中尾楼，烈焰烧伤了施琅的右半脸，右眼也被灼伤，施琅疼痛得跌倒在船板上，诸将赶紧过来救护。施琅挣扎站起来，说：“不要担心，一点火气而已。”说毕，继续指挥作战。
蓝理调整好所部船队，望见施琅旗舰陷入重围，腹背受敌，赶紧督促自己所乘战船，乘风破浪冲进敌舰群中，高声叫道：“主帅勿忧，蓝理在此！”
郑军副将陈侃见有人来救施琅旗舰，斜刺里冲过来，欲阻挡蓝理战舰。蓝理号令炮手对准这只逼近的船只，急发斗头熕，只一炮敌船顿时中弹沉没了。
刘国轩看见陈侃船只被击沉，一时不知蓝理是何人，只见蓝理战船的桅杆上高挂一个“蓝”字，禁不住指着蓝理战船问起左右说：“清军那只船的主将是谁？”
左右答说：“清军提标署右营主将蓝理，原先为康亲王杰书南下征讨耿军的先锋官，现为福建水师提督施琅的先锋官，方才我军七八只战舰就是被他指挥的清军水师击沉的。”
刘国轩听罢，若有所思般自言自语道：“蓝理真是一员虎将也。”顿了顿，他又扬起声调传令道，“着令提督前锋营陈升、戎旗镇陈时、统辖前锋镇姚朝玉、水师总提调右武卫林升率所部船只围截蓝理船只，务必击沉。”
陈升、陈时、姚朝玉、林升四人得令，率所部船只径向蓝理包围过来。蓝理见陈升船只先靠近，瞅准时机，指挥左边横炮点发，击中陈升船只，坏裂半边。陈时乘蓝理主力顾理陈升船只之机，急速冒进，直奔蓝理船只。蓝理腾过手来，见陈时船只近在跟前，督促船上将士向敌舰猛掷火罐。陈时船只着火，船上的郑军纷纷跳入海中，溺死无数。
郑军战舰攻势受挫稍退，蓝理率领船队与施琅旗舰合兵一处，冲出郑军包围圈。郑军姚朝玉、林升还想拦截，蓝理指挥将士打坏了姚朝玉战舰，林升接替姚朝玉战舰，死活不肯退却，仍然指挥郑军诸船与蓝理死战。战斗打得非常激烈，最后蓝理打散了郑军就近船只。
刘国轩在郑军旗舰上，用望远镜看见蓝理英勇善战，瞬间又见蓝理打散了郑军前锋，直望郑军中军船只冲来，急令手下大将曾遂率部前往迎敌。只见蓝理所乘船只驶来，正面遇上曾遂战船。两船相遇，各自奋勇，战斗了两个时辰，双方将士依旧是愈战愈勇。酣战中，猛地里，郑军一发流炮击中蓝理身边的甲板，烈火冲起，烧透蓝理护身甲，伤及腹部。
蓝理跌倒，曾遂见势大声呼叫：“蓝理死了，蓝理死了！”
蓝理次弟蓝瑶，看见哥哥扑倒在地，连忙近前从背后扶起蓝理。
扶起时，蓝理腹部破裂，肚肠流出，可蓝理不管这些，只见他紧握拳头，大声吼叫：“蓝理还在，是曾遂死了！”然后，硬撑着身子，搁开蓝瑶，高声说，“拿剑来。”
族人蓝法见势，赶紧将手里钢刀递将过来。
蓝理接剑，连呼“杀贼，杀贼，杀贼”，那声音如巨雷般响亮，且是一浪高过一浪，越发激励将士更加英勇奋战。
施世骠跟在蓝理身后，奋勇杀向敌人。
没多久，蓝理终究受不了重伤折磨，身子一歪，蓝瑶看见，大叫道，“大哥，当心！”可是已经来不及了，蓝理还是再次重重地跌倒在船板上。身旁其他裨将看见蓝理倒地，亦舍战来救。
蓝理在船板上疼得额上沁出大朵汗珠，但他仍咬紧牙关向将士们摇手，声音放低说：“没事，不妨！”然后指着蓝瑶说，“督战速进，不要因为顾及我一人而误事矣！”
蓝瑶听令，速去督战。蓝法伏过身来，让蓝理斜着枕靠，蓝理四弟蓝瑗、五弟蓝珠这时也都过来帮忙，仔细将流肠捧纳入腹，接着在伤口上撒点自备的伽楠香粉，而后用白布包扎腹背，裹紧。
稍事停顿片刻，蓝理腾地站起来。合军聚众，务在激气，蓝理整顿盔甲，在炮火中坚持督战，激发士气。恰在此时，对方战船迫近，有几个号称飞天鼠的郑军杀手从那边桅杆跳到这边桅杆，眨眼间滑到甲板上，呼啸着要杀蓝理。
蓝家兄弟力敌，杀了飞天鼠，一举击退了那艘越来越迫近的郑船。后面几艘郑船见飞天鼠船没得手，一艘艘也从斜刺里赶来支援己方，突击蓝理船只，来势甚是汹汹锋芒。
蓝理见势，仍旧勇猛挥舞着利剑，奋身高呼：“今日一战，诸君勿怯，誓与贼无生还！”
边上将校都被蓝理的精神所感动，个个以一当百，奋勇作战，加上援军跟进，清军接连又击沉了四艘敌船，烧死无数敌人，使敌人败退了数十海里，漂尸和弃械浮满海面。
破肚将军，从此名扬天下。
刘国轩见清军气势正旺，己方士气受损，连忙鸣金，打招旗收兵。施琅见郑军退去，天色已晚，也收兵垵屿等海澳待命。
是夜，郑将邱辉等人向刘国轩提出自愿领兵夜袭清军水师。
刘国轩说：“清廷舟师所寄泊垵屿都是没遮拦的海澳，又系石浅礁线，早晚风起，定不战而自溃。俗话说，六月三十日有三十六暴，今日乃十六，明日十七、十八、十九，就是观音暴、洗蒸笼暴，哪里会没有风暴呢？我们暂且养精蓄锐，拒险守险，以观其败。”
邱辉等人见刘国轩说得有道理，便不再言语了。
施琅边安顿舟师，边上疏嘉奖蓝理，并延请大夫给蓝理治伤。大夫重新给蓝理伤口洗净，上完药后，他还特别交代说，应使蓝将军安卧七日，伤口方能平复。
施琅听罢，心安下来。他看时候不早，准备离开蓝理军营，灯光下却见蓝理在掐算什么东西，眉头顿时蹙了起来。施琅知道熟知海事的蓝理所忧何事，不觉一笑道：“蓝将军，无忧也。”
蓝理摒退左右，说：“我方才掐指一算，明后三天就是澎湖一带兴起观音暴、洗蒸笼暴的时间，我担心我军遭受风暴之害，郑军若来偷袭，我军必有损失。”
施琅还是笑着说道：“这时间我已算好了，不用担心，风暴来不可怕，我军已有准备。至于郑军来袭，我谅刘国轩不敢，他是在壁上观，希望风暴尽倾我军，他再来收拾残局，他的算盘打错了。没事，你听医生嘱咐，尽管把伤养好。”
蓝理见施琅胸有成竹，便将心放了下来。
翌日开始，风暴果然如约而来，排山倒海的声势令人生畏，好在清军早有准备，一一避过三日风暴之害。清军虽有损失，但不是太大。施琅吩咐水师稍事整顿，准备来日战斗。
第四日天明，施琅亲率舟师，浩浩荡荡，直接进攻澎湖娘妈宫郑军。
刘国轩见清军主动来攻，有些意外，风暴居然没打垮清军，他立即掌号命各处炮船、赶缯船、大小各船齐起帆椗，发炮呐喊，从娘妈宫前疾出迎战。西屿两岸铳炮齐发，两军对阵，炮火矢石交攻，如雨点般地落下来，烟焰蔽天，咫尺莫辨。正当两军酣战之际，施琅所乘旗舰却触礁搁浅了。
刘国轩得知大喜，指挥郑军船舰将施琅主舰团团围困，组织炮火猛烈攻击。清军总兵朱天贵冒险来救，被炮击中，穿肠死亡。清将林贤遥见主帅被围，又见朱天贵人亡船溃，忙指挥船队冲舰入援。刘国轩急督邱辉、江胜等率十余只船，环围攻击。一时火箭、药罐、矢石、炮火浑如雨点。林贤率众环敌力战，不料左臂贯甲，连伤三箭，其他将士死的死，伤的伤，矢石药炮都已用尽了。
施琅主舰情势万分危急。就在这时，施琅船上将士忽然看见云端有旌旗出现，天妃娘娘的凤辇若隐若现，海面还有两员神将，足踏波浪，指挥神兵助战。
却说依旧在垵屿静卧养病的蓝理在梦寐之中，忽听有一女声在急呼：“主帅有难，蓝将军速速救援！”
蓝理霍然站起，眼睛一睁，谍报亦传，主帅旗舰触礁搁浅，被敌船环环围住，情势万分紧急。蓝理立马整装，左右见其伤势依然严重，劝其按主帅之令养好伤再说，但蓝理不顾劝阻，传令驾船往救。
郑军经过四天前的海战，已经领教过蓝理的神勇，远远望见挂有“蓝理”字样的战舰乘风破浪，迎面冲来，一个个皆惊呼道：
“不好了，蓝理杀来了！”
“破肚将军蓝理杀来了！”
危急关头，蓝理率领六只船从外围攻入，林贤奋起督击，内外夹攻，接连击沉郑船二艘，围攻施琅旗舰的郑军船队只得纷纷退却。
蓝理、林贤等人乘势追杀，夺取敌舰，请施琅换船。
施琅在旗舰上看见这一切，心里万分高兴，可见到蓝理，却反倒对蓝理责言道：“大夫嘱咐你安卧七日，才能康复，今方三日，你怎么就急忙上阵参战了。”
蓝理却笑着回说：“主帅被围，末将安敢偷生，袖手旁观。救得主帅，即令我金疮迸裂而亡，我也心甘。”
蓝理激情澎湃，忠贞可鉴，施琅也不由哽咽道：“诚哉斯言，多谢蓝将军，还有林将军，你们舍命相救，待破敌之后，再行重谢。”
蓝理心潮静下来，说：“主帅言重。蓝理一介武夫，多蒙主帅不弃，若说图报，亦惟有义耳。”话语停顿，又说，“说来神奇，就在我养伤的恍惚间，有一女声在对我说，主帅有难，蓝将军速速救援！起来一看，虽说是谍报传言，但不管怎么说，这许是天意吧。”
海面的事情千变万化。施琅想了想，也高兴起来，说：“对，适才也是幸亏天妃娘娘显灵，指挥天兵天将助战，才能化险为夷。”
施琅、蓝理说话当儿，刘国轩督促郑军，纠合各镇船只，重新杀过来。施琅重整旗鼓，摆开阵势，奋力进杀。顿时，炮如雨下，烟焰熊熊。施琅利用其优势兵力，命令舟师以五船合围敌方一船的办法，把郑船各个分割。郑军船只全被陷入挨打的困境，有的被火罐所烧，有的被炮击沉，郑军伤亡惨重。
刘国轩见清军攻势逼人，如果继续死拼，将会全部覆灭。他目视四周，力图乘隙突围。无奈清军船集如叶，各条海港几乎被清军塞满了，郑军插翅难飞。在这危亡之际，刘国轩忽然瞥见吼门一港，无船堵截。他急令黄良骥、洪邦柱等率残存战船，飞速向吼门驶去，顺流向台湾撤退。
施琅见刘国轩逃遁，传令快哨追擒。
清军因港路不熟，追赶不上，只得回师。
施琅看天色已晚，一面鸣金收军，一面打旗招降海面上残存郑兵。守在娘妈宫炮城的郑军将士见刘国轩已先自逃回台湾，各个卸军投戈，出城请降。施琅放舢板下海，差官收降。另分遣官员各持令箭往澎湖诸岛受抚，澎湖八八六十四岛一一归顺。施琅出示安民，实行优待俘虏与恤民政策，并携蓝理等人到澎湖马公镇妈祖宫祭拜妈祖，以答谢妈祖对大清水师之神佑。
妈祖是澎湖人最信仰的神明。施琅、蓝理一行人走进这座建于明万历年间，在台澎属于最古老的庙宇，怀着虔诚之心，奉香参拜了天妃娘娘。
澎湖决战，郑军精锐及巨舰尽丧。攻克澎湖，打开取台门户。实施绥靖优抚政策，也为清军攻台赢得台湾民众的拥护。
清军进攻台湾的时机已经成熟，但郑氏还想负隅顽抗。
蓝理向施琅提议：“台湾目今虽说危机四伏，但要让其主动来降，时机未到。依末将之见，择日可乘胜进攻鹿耳门，给郑军造成大军压境，其不降亦由不得它矣。此为宽以济猛，猛以济宽之法耳。”
施琅然之，让军士稍事休整，下令进攻鹿耳门。鹿耳门外滩浅，清军舰队游弋海面二十多天不得靠岸。施琅焦急，突然大雾弥漫，狂风刮起，浪涌潮涨，施琅不失时机指挥舰队冲过海滩，开进鹿耳门。
郑军见清军来攻，死守鹿耳门。郑克塽闻悉，大惊失色，哀叹道：“先王祖得台湾，鹿耳门潮涨，今复然，天也！”
台湾回归，至此已成不可逆转之势。
郑氏集团内部也就降与守，展开一场激烈的论争。
掌握台湾军事重权的刘国轩，自澎湖败衄，心胆俱裂，如今清军逼临门庭，台湾兵民群情汹汹，魂魄俱夺，众心摇动，处此危亡之际，他认为台湾惟有投诚归顺，才是唯一出路。他力排异论，首创降议。可是，建威中镇黄良骥认为澎湖失守，台湾势危，主张取吕宋为基业。中书舍人郑德潇呈上吕宋地图，也陈述吕宋可取事宜。两人的建议深得郑克塽、冯锡范的赞同。
刘国轩竭力反对，郑克塽、冯锡范只好放弃前议。冯锡范提出分兵死守，刘国轩又给予驳斥。正当郑克塽犹豫未决之际，施琅派蓝理携原刘国轩部属曾蜚连夜上岛招抚。
翌日，郑克塽召集大臣到宫殿商议。
刘国轩说：“曾蜚原属臣部下，昨夜密访臣，所言之事可信也，何况施琅又将其先锋蓝理派来台湾招抚，蓝理猛将也，足见清廷重视我等要求。从来识时务者为豪杰，大势已去，速当顺天。依臣之见，可差礼官郑平英等随蓝理、曾蜚到澎湖军前请降。”
这时，只见蓝理、曾蜚等一身戎装进殿。
蓝理见郑克塽摇摆不定，扬声说：“天朝圣上英明，国泰民安，而台湾民心已散，谁与死守，浮海而逃，又无生路，台湾本属天朝疆界，又何必自立于外而以卵击石呢。”
言罢，殿中众人默然，无人敢接蓝理话茬。
蓝理复郑重说：“天朝观德不耀兵，恭顺则爱育之，鸱张则剿灭之。国需要一统，民需要安居，望王爷为国之大局为台之百姓虑而三思之。”
天下大势在于和合。郑克塽思前思后，当下惟有归顺一路了。
康熙二十二年(1683)八月十一日，清军主力离开澎湖，向台湾进发。郑克塽遣礼官郑斌率领父老，乘坐小船，出鹿耳门迎接，自己亲率刘国轩、冯锡范等文武官员齐集海埏恭迎。
八月十八日，郑克塽、刘国轩、冯锡范等文武官员奉前明“延平郡王”和“招讨大将军”金印两颗，以及台湾、浙江、福建的地图、户籍、府库军粮册簿呈献施琅。清方按清制，逐一分发给他们不同等级的袍、褂、外套、靴帽等。随后，施琅命广贴《谕台湾安民告示》，劝谕台湾地方官员、百姓、土番人等“各宜乐业，无事惊心，收成在迩，务农毋荒，贸易如常，垄登有禁，官兵违犯，法在必行，人民安生，事勿自缓”。
一切安排停当，施琅遣吴启爵驰京报捷。
康熙闻报，授施琅为靖海将军，晋封靖海侯，世袭罔替，并赏三眼花翎顶戴，其所属官员各再加一级，兵丁再赏一次，以示特加优渥至意。康熙以蓝理拖肠血战，二度救帅，入岛招降，功在首先，破格擢升，以军功授昂帮章京内大臣兼摄左都督，世袭骑都尉，封一等伯。
台湾回归后，摆在康熙面前一个突出问题：台湾或弃或留，亟须决断。
不少朝廷官员、封疆大吏不主张将台湾划入中国版图，认为台湾孤悬海外，易薮贼，不若内迁台民，放弃台湾，专守澎湖诸岛。闽浙总督姚启圣、靖海将军施琅、都察院左都御史赵士麟、侍郎苏拜、大学士李尉、内大臣左都督蓝理等人挺身而出，坚决反对弃台的荒谬主张，尤其是施琅、蓝理“弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉”的真知灼见，给予康熙的决策以重大影响。
康熙最后明确谕示：“台湾弃取所关甚大，镇守之官三年一易，亦非至当之策；若徙人民，又恐失所，弃而不守，尤为不可。”
不久，施琅、蓝理等联名上奏，请朝廷及早在台湾设立政治，管理发展民生。康熙二十三年(1684)五月，清廷在台湾设立一府三县，置巡道一员分辖，隶属福建省，府曰台湾，附郭为台湾县，南为凤山县，北为诸罗县，由台厦兵备道分辖，并加强台澎守备力量，从而将台湾正式划入清朝版图。施琅、蓝理等人完成国家一统，多年的干戈化为玉帛，两岸同胞重新自由舟楫往来。康熙任命参领杨文魁为第一任福建台湾总兵官。随后，文武各官陆续就任，编户籍，定赋税，通商贾，兴学校，台湾正式隶属于清朝中央政权的行政管辖之下。
七月，施琅、蓝理交割完台澎军政之务，准备回厦门候任。
启程前，施琅请蓝理一同到台湾帅府附近的妈祖庙朝拜。
施琅说：“我们都是闽南海边人，信奉天妃娘娘，台海一役，天妃娘娘神助有加，此次回内地前，我想跟蓝将军一道去帅府就近的妈祖庙里礼拜答谢。台湾妈祖庙都是福建内地妈祖庙分庙，一个也多，一个也灵，我们此番不去，恐怕今后就难有机会了。”
蓝理说：“对。台湾是海岛，百姓以海为生，天妃娘娘是海上保护神，我们理应带头参拜天妃娘娘，支持台湾信仰天妃娘娘。”
到了妈祖庙，施琅、蓝理虔诚敬奉香烛。敬毕，蓝理若有所思对施琅说：“军门，我们将士统一台湾后，个个论功行赏，可惟独没给天妃娘娘请赏。”
施琅说：“对呀，我心里总觉得还有什么事没办，今得蓝将军睿言，使我茅塞顿开了。”他脸上泛着笑意，接着说，“我记得，明朝初年，妈祖因庇护郑和、王景弘七次通洋，立了大功，明成祖封妈祖为护国庇民昭灵显应弘仁普济天妃，尊称天妃娘娘，如今天妃娘娘显灵助我收复台澎，我们应该专此联名上表，请乞皇恩崇加敕封天妃娘娘。”
蓝理说：“说来也怪，刘国轩帅府设在澎湖妈祖庙里，可天妃娘娘就是不予庇护，可见天是不佑台湾自立乾坤的。那这奏表该如何写呢？”
施琅说：“我们开宗明义奏请皇上加封天妃娘娘，具体事项就以天妃娘娘显灵于铜山、台海，让宫前妈祖庙前的枯井涌泉，帮助大清将士取得台海战役的胜利为例。”
施琅、蓝理回到厦门不久，朝廷的任命也下来了，令蓝理进京为官。而蓝理却以双亲年迈，身为长子，要求回乡。施琅不敢做主，说：“蓝将军，今日你可是皇上御封的平台首功大臣，你的请求要让皇上御准才行。”
施琅将蓝理的请求报朝廷，康熙嘉其孝顺，恩准蓝理还乡省亲，修缮祖祠，日后遇缺先用，赏赐黄金数百两，御赐“平台首功”、“所向无前”匾文各一块，并在漳州郊区赐封一块田地，后称“蓝田”。
康熙二十三年(1684)八月，康熙又恩准施琅、蓝理所请加封天妃娘娘一事，御笔敕封妈祖为“护国庇民昭灵显应仁慈天后”，派钦差礼部郎中雅虎奉御书香帛到湄洲和铜山诣庙致祭，御赐十棚大戏，以资庆祝。
康熙二十九年(1690)，因海盗日滋，康熙调蓝理任浙江定海(舟山)总兵官，官阶正二品，并兼摄提督之职。临别前，康熙送蓝理四字“上善若水”，寓意深刻。蓝理到任后，治理海疆，重修普陀，崇文重教，发展民生，深孚士绅僧民之心。
夏季风起，蓝理一日带兵巡视海边，发现一艘渔船沉入海中，幸亏船上渔民被附近的渔船救起来，安然无恙。但这件事给蓝理的触动很大，他想起福建、台湾沿海一带都有供奉妈祖习俗，当年随施琅大将军出征台湾时就曾受妈祖多方护佑，皇上因此也将妈祖从“天妃”晋封为“天后”，妈祖是海上的保护神。定海多数人也都是靠海为生，没有妈祖娘娘的保佑岂能说得过去，定海理应修建一座天后宫。有了天后宫，渔民出海前去进进香，求得妈祖娘娘庇护，不说迷信，至少可以在心里获得一份寄托，一份希望，一份自信。这寄托、希望、自信都是一种善念，而一点善念则足以改善世界许多许多。
蓝理决定在定海城内修建一座天后宫。
蓝理捐资备料，吩咐蓝廷珍(蓝理堂侄孙，从家乡投军蓝理，后被誉为“治台名将”)回福建，从莆田、闽南请了一批修建妈祖庙的能工巧匠来定海。经过四、五个月的工期，蓝理终于将定海天后宫修建起来。
蓝廷珍看蓝理一会修普陀山，一会建天后宫，对蓝理做这些善事不太理解，认为这些善事皆是佛门之事，堂堂一个总兵去管这些事务未免不成体统了。自己老家漳州闽南一带，虽有佛国之称，信佛盛行，但那也只限于善男信女耳。
蓝理解释说，以前我天不怕地不怕，到这岁数，有了经历了，我方明白，人不能什么都怕，更不能什么都不怕，要有所畏忌才行，而佛教、民间信仰是最好的引导之路，它能使人慈悲为怀，能使人充满希望，能使人间和谐。只要你心存慈悲，心存希望，善待自己，善待他人，信佛与否，或者说信什么迷信什么都无所谓。这社会有善念信仰做基础，问题矛盾就会少了。即使出现问题矛盾，社会也会慢慢地自行愈合消解。众缘和合，一个有信仰的社会，才是成熟的社会。
康熙四十二年(1703)冬，朝廷以天津是京东重地，调蓝理前往镇守。康熙赐给蓝理花翎、冠服，以及御书匾文“勇壮简易”。蓝理离开定海时，普陀山僧民为他立生祠，称之为“菩萨将军”，并将普济禅寺的护法改为蓝理塑像。
翌年初春，蓝理旧伤发作，乞求解职，康熙下旨安慰挽留，遣派御医诊视，不日痊愈。蓝理巡视治所，发现畿辅地多荒芜、产粮不多，而整个天津一望平川，尽是沃土。他发动将士，招募漳州城郊蓝田和漳浦苌坑的蓝氏乡民，开垦荒地，种植水稻。这片土地过后也叫“蓝田”。蓝理成为将南方水稻成功引种北方的第一人，深得康熙赞赏。这时，蓝理也开始筹划修建天后宫。
夏日，蓝理少时的朋友蓝溪、蓝海、蓝昌千里迢迢来到天津，三人自报姓名要找蓝理，却被门卫呵斥。恰在这时，蓝理刚从修建天后宫的工地里回来，他在里面闻讯，派人传讯接见。蓝理一看，果然是少时朋友，得悉他们三人在闽南修建过妈祖庙，便将他们留在总兵府做事，帮忙修建天后宫。
康熙四十五年(1706)六月，蓝理升任福建陆路提督，官阶从一品。康熙感念蓝理“所向无前”精神可嘉，再次御书匾文“所向无前”赐之。清朝地方军事长官常兼管民事，蓝理在福建惩恶行善，发展民生的做法，深受百姓爱戴，却得罪权贵。蓝理的事迹传到京城，康熙甚是高兴，说：“为官者当如此。”
漳州是福建乃至东南沿海的军事重镇，清廷一直驻有重兵。蓝理到任后，经常在漳州提督行署料理军务。闽南一带，屡经战火，商业凋零，蓝理下令在闽南漳泉等地建行铺千间，大开街衢，便民贸易。蓝理在福建任职期间，还非常关注台湾、澎湖情况。海峡两岸包括妈祖在内的民间信仰文化交流，也因蓝理的推动而变得越来越密切，蓝理“菩萨将军”的美誉也在海峡两岸传开。
康熙四十六年(1707)四月，康熙南巡，专旨蓝理到扬州迎驾，再次肯定蓝理“勇壮简易，所向无前”的精神，赐蓝理在漳州建造“勇壮简易，所向无前”牌坊一座(1996年该牌坊被列为第四批国家重点文物保护单位)。牌坊竣工那日，蓝廷珍、蓝鼎元(蓝理堂侄孙，蓝廷珍堂弟，熟悉海疆利弊，后被誉为“筹台宗匠”)都来祝贺。蓝廷珍、蓝鼎元此时已分别被誉为“闽浙第一良将”、“经世良才”，蓝理对他们的才干十分赏识，非常睿智洞明地说：“今后东南海域若再有事端，欲彻底平复之，非廷珍与鼎元莫属！”
康熙五十六年(1717)四月，关东大盗孙森盗窃辽阳巨炮和战舰，潜逃下海，康熙大怒，责成沿海官员严加缉拿。蓝理曾蒙冤入狱，后蒙康熙开恩释放，此时因征战新疆、西藏准噶尔部噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦叛乱有功，再赐提督衔，加封左都督，禄享官阶一品。康熙问计蓝理，蓝理举荐蓝廷珍，康熙于是密令蓝廷珍缉拿孙森。
康熙五十八年(1719)春，蓝廷珍升为澎湖副将，不久又改授南澳总兵。赴任前，蓝廷珍到天津探望蓝理。两人在谈到福建、浙江、天津、台湾等地百姓信仰妈祖的情况时，蓝廷珍说：“叔公，闽浙津台百姓在感念天后娘娘的恩德的同时，也没忘叔公的功德。”蓝理听罢，欣慰说：“天后娘娘泽披百姓，百姓能铭记天后娘娘的恩德就够了。”
康熙五十九年(1720)冬，蓝理在天津蓝田庄病逝，享年73岁。福建、台湾、浙江、天津、京城、陕西、新疆、西藏等蓝理生前呆过的地方民众自发为蓝理举行祭奠仪式，有的地方群众感念蓝理在世恩德，为他建立庙宇，雕塑神像，予以供奉。蓝鼎元在《叔祖福建提督义山公家传》文中也赞曰：
